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清华大学基于华为云完成癌症基因组学大数据分析项目

  近期,清华大学生命科学学院杨雪瑞课题组基于华为云HPC基因组学大数据分析解决方案,完成了二十余种癌症的转录调控网络构建。华为云针对项目的大规模计算需求进行了个性化配置,极大的减少计算时间,从海量癌症多组学数据中挖掘基因转录调控通路,向揭示癌症发生发展机制又迈进了一大步。

  该项目主要是为了探索在癌症进程中,转录因子(TFs)、靶基因(target genes)、长链非编码RNA(lncRNAs)三者之间的调控关系,构建转录调控网络;并基于该网络揭示癌症的发生发展机制,同时比较不同癌症中转录调控网络的异同。近年来,随着基因测序数据的不断积累和壮大,长链非编码RNA(lncRNAs)不断被发现并且执行了重要的生物学功能。因此在传统的转录因子和靶基因的调控关系中加入长链非编码RNA的因素,构建新型的转录调控网络,为探索癌症的发生过程和调控机制提供了新的可能。

  基于华为云成熟的HPC解决方案,为该项目提供了极具针对性的资源配置优化,实现了大规模计算资源的合理分配,不仅实现了高效率计算,还节省了30%以上的时间成本。

  当前华为云HPC基因测序方案,可提供基于FPGA测序加速的基因测序主机、基于超高IO块存储构建的lustre集群,以及超高上传下载性能的OBS browser工具和120TB大容量传送立方数据快递服务。相比传统基因测序流程可缩短5倍的测序时间,综合成本可降低40%。

  清华大学生命科学学院有着悠久的历史,在科学研究、学科建设和人才培养方面都有着强大的优势,已发展成为我国最具特色和最有影响力的生命科学科研和教学基地之一。以基因组学为重要研究内容之一的计算生物学是学院的重要发展方向,而相关研究的深入也对高性能计算资源提出了大量迫切的需求。

  测序行业的持续繁荣和测序数据的快速增长对平台的计算能力以及数据安全都提出了更大的挑战。未来,随着测序技术的不断发展,华为云将联合科研伙伴一起不断推动基因行业的发展和进步。点击了解华为云: